Летом 1998 года на территории собора началось строительство нового кирпичного храма в честь святителя и чудотворца Николая. Храм планировался как крестильный, но в процессе разработки котлована от этого пришлось отказаться. Слишком близко располагались коммуникации, не позволив сделать правильный слив воды. За два года все работы по внешнему виду будущего храма были закончены. В 2000 году архиепископ Николай совершил малое освящение храма. В храм был перенесен престол из Никольского придела собора, а сам придел в связи с большим количеством прихожан и нехваткой места, был разобран.
В течении 8-ми лет храм использовался только при необходимости, на праздник Богоявления в нем велась раздача крещенской воды прихожанам, на Пасху освящались куличи и яйца. Когда в Александра Невском соборе велись реставрационные работы, богослужение совершалось в Никольском храме.
Но в процессе эксплуатации храма, были выявлены неточности с системами вентиляции и отопления. В связи с чем было принято решения о реставрации. На подготовку проекта реставрации не ушло много времени так-как у руководителя проектной мастерской С.А.Макарова, еще в начале строительства Никольского храма были идеи сделать его пяти купольным. В 2010-11гг. фасад Свято-Никольского храма был перестроен, стеклянные окна «фонари» заменили на купола, с тех пор малый придел Святителя Николая стал пяти купольным храмом.
В связи с ограниченными финансовыми средствами, ремонтные работы велись три года. В 2013 году была полностью закончена роспись храма. Роспись вели ученики художественной школы «Ставрос» при Свято-Михайловском соборе г.Ижевска.
По благословению владыки Николая роспись была выполнена в византийском стиле. Мастерской по художественной обработке дерева «Зодчий» был изготовлен великолепный трех ярусный резной иконостас.
Два года велись сборы средств на написания икон для иконостаса и киотов.
Более 10-ти предприятий города оказали большую помощь в сборе средств. На средства главного ктитора и клирика собора, протодиакона Олега Зонова была закуплена вся церковная утварь для храма.
25 октября при большом стечении прихожан митрополит Ижевский и Удмуртский Николай совершил торжественное освящение храма. По выражению митрополита Николая на земле зажглась еще одна звезда, ведь храмы на земле сияют небожителям, также как для нас сияют звезды в ночном небе.
В ответном слове руководитель Миссионерского отдела, иерей Максим Юхновский, поблагодарил Высокопреосвященнейшего Владыку за радость доставленную торжественным богослужением заметив, что:
«Мы совершаем сегодня торжественное освящение храма в белых облачениях и это не просто так. Восемь лет храм был в состоянии полного запустения и сегодня в день его освящения, для него наступила Пасха или сказать иначе Воскресение. Этот день мог наступить еще нескоро, если бы не ревность по Бозе и нескончаемый энтузиазм двух людей; диакона Алексея Шестакова, клирика собора и Антонины Андреевны Машковцевой, старосты нашего храма. Мы благодарим всех жертвователей и попечителей за вклад в дело воссоздания этого великолепного храма».