Летом 1998 года на территории собора Александра Невского началось строительство нового кирпичного храма в честь святителя и чудотворца Николая, архиепископа Мир Ликийских.
Храм планировался как крестильный, но в процессе разработки котлована от этого пришлось отказаться. Слишком близко располагались коммуникации, не позволив сделать правильный слив воды. За два года все работы по внешнему виду будущего храма были закончены. В 2000 году архиепископ Николай (Шкрумко) совершил малое освящение. В храм был перенесен престол из Никольского придела собора, а сам придел, в связи с большим количеством прихожан и нехваткой места, был разобран.
В течение 8-ми лет храм святителя Николая использовался только при необходимости: на праздник Богоявления в нем велась раздача крещенской воды, на Пасху освящались куличи и яйца. Когда в Александро- Невском соборе велись реставрационные работы, богослужение совершалось в Никольском храме.
В дальнейшем в процессе эксплуатации храма были выявлены неточности с системами вентиляции и отопления. В связи с чем было принято решения о реставрации. На подготовку проекта реставрации не ушло много времени так, как у руководителя проектной мастерской С. А. Макарова, еще в начале строительства Никольского храма были идеи сделать его пятикупольным. В 2010-2011 гг. фасад Свято-Никольского храма был перестроен, стеклянные окна «фонари» заменили на купола.
В связи с ограниченными финансовыми средствами, ремонтные работы велись три года. В 2013 была полностью закончена роспись храма. Роспись вели ученики художественной школы «Ставрос» при Свято-Михайловском соборе г. Ижевска. Мастерской по художественной обработке дерева «Зодчий» был изготовлен великолепный трехъярусный резной иконостас. Сборы средств на написание икон для иконостаса велись два года. Более 10-ти предприятий города оказали большую финансовую помощь. На средства главного ктитора и клирика Александро-Невского собора протодиакона Олега Зонова была закуплена вся церковная утварь для храма.
25 октября при большом стечении прихожан митрополит Ижевский и Удмуртский Николай (Шкрумко) совершил торжественное освящение Никольского храма. По словам владыки Николая на земле зажглась еще одна звезда, ведь храмы на земле сияют небожителям так же, как для нас сияют звезды в ночном небе. В ответном слове руководитель Миссионерского отдела Ижевской епархии иерей Максим Юхновский поблагодарил Высокопреосвященнейшего за радость доставленную торжественным богослужением, заметив:
«Мы совершаем сегодня торжественное освящение храма в белых облачениях и это не просто так. Восемь лет храм был в состоянии полного запустения и сегодня в день его освящения, для него наступила Пасха или сказать иначе Воскресение. Этот день мог наступить еще не скоро, если бы не ревность по Бозе и нескончаемый энтузиазм двух людей: диакона Алексея Шестакова, клирика Александро-Невского собора, и Антонины Андреевны Машковцевой, старосты собора. Мы благодарим всех жертвователей и попечителей за вклад в дело воссоздания этого великолепного храма».